Pela atitude de espírito, pela multipiícídade dos interesse científicos, pela satisfação que lhe causavam as notícias de novos descobrimentos, quaisquer que fossem, Magalhães é o tipo acabado do amateur.
Amou, sem dúvida, a ciência pela ciência, com amor isento e desinteressado, e muito embora tivesse sido afetado mais apaixonadamente pelo sentido utilitário e instrumental, nem por isso o seu nome deixa de estar ligado, de certo modo, aos grandes acontecimentos científicos do último quartel do século XVIII, pelas relações que manteve com Franklin e Volta, com Priestley e com Lavoisier, com Herschel e Brochart de Saron.
Cientista, com o culto da expenencia e com o sentido da explicação racional nos limites da própria experiência, a sua alma não seisentou inteiramente da intenção militante contra a ignorância e as trevas, como as entendia o racionalismo enciclopedista.
Os escritos que deu a público não contêm pensamentos instauradores nos domínios da ciência teórica e da renovação social, mas escreveu-os, sem dúvida, na convicção de que não serviriam, e muito menos consolidariam, o aparelho das tradições que subjugavam a explicação científica ao império de convenções e de doutrinais metafísicos.
Assim, é elucídatíva a carta que em 26 de Novembro de 1786 dirigiu à Academia das Ciências de Lisboa por intermédio de Luís Pinto de Sousa Coutinho, no sentido de ser observado no território ultramarino português sito na região equatorial o cometa primeiramente notado por Pedro Apiano e previsto para 1789, a fim de que os «estrangeiros vejam que os nossos Portugueses se acham já com os olhos abertos para a cultura das Ciências e Artes úteis, que tão longo tempo têm estado como sepultadas no seu esquecimento».
Como filho espiritual de uma época racionalista, Magalhães é um «iluminista» que se não confessa abertamente, convicto do progresso científico, ou por outras palavras, da função benemérita e emancipadora da ciência. Se a sua curiosidade não teve limites, interessando-se por tudo o que significasse novidade ou inovação, a sua atividade científica também se não confinou numa especialização estreita; e porque não teve dúvidas sobre o carácter colectivo dos problemas científicos e, sobretudo, do respectivo esclarecimento, aplicou rasgada e solicitamente os seus dotes ao serviço da conjugação dos esforços dos sábios de todos os países, na admirável e benemérita diligência de mensageiro e de incitador do progresso da ciência e da irradiação humanitária das suas luzes.