«Antes do doutoramento, que em Teologia se chamava magistério, faziam os licenciados um ato solene a que, por ser na véspera do doutoramento, se dava o nome de vesperias, que consistia numa questão proposta pelo presidente, e sobre a qual argumentavam ao doutorando quatro doutores, no fim recitava o presidente uma oração, e o vesperisando dava uma colação aos mestres e mais pessoas que o acompanhavam da casa até à Universidade. No dia seguinte pela manhã ajuntava-se a Universidade com as suas charamelas e trombetas à porta do doutorando, e daí o acompanhava até à catedral, onde se celebrava uma missa do Espírito Santo, finda a qual se conferia o grau do mesmo modo, com pouca diferença que ainda hoje se usa. Antes, porém, do doutoramento tinha o doutorando obrigação de dar ao lente, que servia de padrinho, um vestido completo; e a todos os lentes, reitores e cancelário se repartiam naquele ato barretes e luvas; os lentes da faculdade tinham além disto fains; e aos oficiais da Universidade e pessoas nobres, que se achavam presentes, também se davam luvas. O novo doutor devia dar um jantar a todos os lentes e oficiais da Universidade, e no dia seguinte faziam os escolares com ele uma cavalgada pela cidade, e iam assistir às vésperas em Santa Maria da Sé.
«Os bacharéis, licenciados e doutores, ou mestres, prestavam juramento ao receber de cada grau; a fórmula deste juramento diversificava segundo os graus. Estatuíra-se também a precedência, que entre os mestres, licenciados e bacharéis devia haver, quanto às lições, que liam na Universidade, e aos salários, que por elas lhe competiam.
«O vestido académico fora objeto de um título especial nestes estatutos, prescrevendo-se que o dos lentes, licenciados e bacharéis fosse talar, e o dos escolares um pouco mais curto. Para evitar as diversões da mocidade estudiosa, e outros descaminhos com que podia perverter-se, determinara este estatuto, que os escolares não tivessem consigo cavalos, jumentos, cães, nem aves para caçar, nem meretrizes.» (José Maria de Abreu, «Memórias históricas da Universidade de Coimbra», em O Instituto, vols. 1 e II).
Elaborando e aprovando estes estatutos, a Universidade usara, com pleno assentimento do rei, da autonomia tradicional e de par conquistara uma posição soberana, que quase a conduziria ao monopólio do ensino.
As escolas claustrais, a partir do momento em que a Teologia entrou no quadro das disciplinas universitárias, não podiam já arrebatar-lhe a influência que o ensino da Sacra pagina, do Mestre das Sentenças e de São Tomás conferia. Como em todas as universidades da Idade Média é possível que franciscanos e dominicanos lutassem pela conquista da cátedra de Teologia do Estudo de Lisboa. É possível, dizemos, porque nos faltam testemunhos; porém não só a admitimos, como somos levados a crer que triunfaram em Portugal, como aliás em quase todas as universidades do Ocidente, os dominicanos. Só assim se explica, em nosso parecer, que os franciscanos tivessem solicitado e alcançado em 1453 uma bula de Nicolau V, pela qual os estudos do convento de Lisboa foram incorporados na Universidade e se podiam graduar nela, segundo os estatutos, os mestres, leitores e estudantes do referido convento. Desta forma conservaram a independência da sua escola claustral e a liberdade de orientação teológica, alcançando ao mesmo tempo para os seus mestres e alunos os privilégios, que só a integração na Universidade conferia.
Seja ou não exata esta interpretação, a bula de Nicolau V testemunha a ascendência progressiva da Universidade na ordem científica; mas se ela, por este lado, se fortalecia, por outro lutava incessantemente com a insuficiência das suas rendas, cuja maior parte procedia das igrejas que lhe haviam sido anexadas.
Os interesses do clero, assim como o protesto contra o usufruto de rendas eclesiásticas por parte de um organismo que se subtraía à tutela da Igreja, suscitaram, como vimos já, um pleito interminável com a Universidade. Periodicamente se reavivava, pouco ou nada o moderando a intervenção pontifícia. Recorria-se então a outros expedientes. Assim quando se reconheceu haver-se tornado letra morta a bula de Pio II (Abril de 1461), a qual impunha perpétuo silêncio nos litígios e confirmava a concessão das rendas de uma igreja em cada bispado do reino, estabelecida pela bula de João XXIII, o rei D. Afonso V solicitou do papa Sisto IV que anexasse à Universidade uma conezia em cada uma das sés do reino e que os arcebispos e bispos, em cujas escolas catedrais não houvesse bons mestres de Gramática e Lógica, concorressem também com a renda correspondente a um canonicato. O pontífice deferiu a pretensão por bula de 20 de Dezembro de 1474; mas dois anos depois revogava-a, porque, orientados pelo arcebispo de Lisboa D. Jorge da Costa, o famoso cardeal Alpedrinha, os prelados e cabidos do reino lhe representaram a diminuição do culto com o desvio das rendas. Não podendo aumentar, nem sequer manter, os seus recursos, compelida a apelar para o rei, a Universidade pouco a pouco foi desfigurando a sua fisionomia medieval, convertendo-se num organismo diretamente subordinado ao poder régio. Ao elaborar e aprovar os seus estatutos, em 1431, a «Universidade do Estudo de Lisboa», a despeito da criação de magistraturas novas, fazia uso de uma autonomia indiscutida. O princípio que dera vida e fora um dos alicerces da corporação medieval mantinha-se; porém, a partir do falecimento do infante D. Henrique em 1460, à medida que a autocracia real se ia radicando na administração e nos espíritos, pelas ideias de letrados e juristas, alguns dos quais, porventura, mestres do Estudo, assiste-se à sua destruição progressiva. O primeiro assalto foi dado por D. Afonso V.
Em 1450, o rei-cavaleiro, que tanto prezava a cultura literária e tão notavelmente desenvolvera a livraria real, «considerando como a ciência e a sabedoria é tão virtuoso dom que coisa alguma a ela não pode ser comparada e que em muitos reinos há Estudos de muitas ciências de que se segue serviço a Deus e muito proveito ao prol comum», resolveu fundar uma nova Universidade em Coimbra, «nas escolas que estão junto com os nossos paços dela», isto é no local da atual Faculdade de Letras, com os mesmos «privilégios e liberdades que tem o nosso estudo que está [...] em Lisboa». Não passou de simples projeto o intento régio, apesar de na carta de fundação da nova Universidade, datada de Sintra a 23 de Setembro de
1450, a dotar com treze mil reais brancos anuais; e anos depois, esquecido já desta determinação, cujos motivos de suspensão nos são desconhecidos, não hesitava em patrocinar a incompetência de certos candidatos ao ensino, aliás reconhecida, e em atentar contra os foros tradicionais da Universidade.
Ao prover algumas cátedras, escrevera a seu irmão, o infante D. Fernando, sucessor de D. Henrique no protetorado da Universidade, «para que as provesse em alguns sujeitos, os quais eram de tão pouca suficiência, que muitos dos que aprendiam davam dinheiro a quem particularmente os ensinasse, e não iam às escolas» (F. Leitão Ferreira, Notícias Cronológicas da Universidade de Coimbra, I parte, § 814). A Universidade, ou pela consciência das suas regalias tradicionais ou por decoro, representou energicamente contra este atentado aos seus direitos, respondendo-lhe o rei, por carta de 13 de Abril de 1463, que não faria mais provimentos, «e que quando por importunidade dos requerentes os fizesse, lhe aprazia que o dito infante seu irmão os não cumprisse, e assim lhe escreveu» (Leitão Ferreira, ob. cit.). Mestres e estudantes foram solidários no protesto; e se em 1463 conseguiram demover o rei, poucos anos depois, em 1476, a majestade real, talvez com fundamento, erguia-se em face da Universidade como poder que impõe obediência e coarta os privilégios consuetudinários. Pretendia o Estudo rever ou corrigir o seu regimento, e por carta de 12 de Julho de 1476, dirigida a D. Rodrigo de Noronha, bispo de Lamego e então protetor da Universidade, estranha que a Universidade interprete os estatutos, o que lhe não consente, ordenando ao protetor que os faça observar e cumprir. Este diploma, que definitivamente cerceou a autonomia pedagógica do Estudo, merece ainda por outro título a nossa atenção. Desde o início, como tudo indica, a Universidade tivera sempre dois reitores eleitos anualmente pelos escolares. D. Afonso V respeitou a tradição secular, mas por alvará de 21 de Julho de 1471 determinou uma nova forma de eleição. No começo das aulas, «reuniam-se os estudantes da escola de Cânones, e prestando juramento nas mãos dos reitores do ano antecedente, perante o bedel, escolhiam quatro estudantes da dita escola, dos mais graves pela idade, ciência, compostura de costumes, para deles se eleger um reitor. A escola de Leis fazia de per si outro tanto. Concluída esta primeira eleição, todos os escolares, lentes e conselheiros, elegiam dentre os candidatos propostos pelas duas escolas dois, que haviam de servir de reitores, um por cada uma delas.