Além das propinas referidas, o licenciando pagava para a arca da Universidade três dobras de ouro e dava, à sua escolha, ao bedel, uma «loba de pano fino de seis côvados» ou dois mil reais. Quando o conselho da Faculdade considerava o candidato «suficiente» poderia dispensá-lo, a seu requerimento, da frequência dos cursos de licenciatura. O conselho devia ponderar a idade e tempo de estudo do requerente, concedendo-lhe a dispensa depois de ter feito com aprovação três lições sobre assunto marcado, arguidas pelos que o quisessem fazer.
O doutoramento, grau essencialmente académico, dava ensejo à mais solene e aparatosa das cerimónias universitárias.
No dia destinado, de manhã, dirigiam-se os mestres, doutores, escolares e amigos a casa do doutorando, «o qual irá vestido de uma roupa roçagante com seu capelo vestido e sem barrete, e se for frade em seu hábito», para o acompanharem à Sé, onde todos ouviam missa do Espírito Santo. Finda a missa, os mestres e doutores assentavam-se «ordenadamente» segundo suas precedências, vestindo os capelos e tendo na cabeça o barrete com borla, de um e de outro lado do cancelário, que ocupava o centro e sentava à sua direita o reitor. A cor da borla variava com a Faculdade: branca para os teólogos, «hieroglífico da pureza e virtude que devem guardar os professores desta ciência»; verde para os canonistas, «significação da castidade, de que devem ser observantes os que estudam para governar a Igreja»; vermelha para os legistas, «símbolo da justiça que devem observar os que hão-de governar a República»; amarela para os médicos, «significação da caridade, que devem ter os que curam os doentes», e azul ferrete para os artistas [ou filósofos], «figura do céu e do ar, sua ocupação principal», segundo a explicação de um cronista gongórico (Aplausos da Universidade a él-rei D. João IV, Coimbra, 1641).
O doutorando, acompanhado de dois bacharéis ou licenciados, sentava-se em baixo, começando o ato por «uma breve lição», que era arguida primeiro pelo reitor «brevemente», e depois por alguns mestres ou doutores da Faculdade. Terminada esta prova, que era no fundo um ato de ostentação, que não de exame científico, distribuíam-se luvas aos bacharéis, fidalgos e oficiais da Universidade, barretes aos licenciados e doutores e barretes e luvas «dobrado» ao cancelário e padrinho, e um orador, «homem honrado», elogiava o doutorando por suas «letras e costumes e por palavras honestas dirá alguns defeitos graciosos para folgar, que não sejam de sentir». Finda a oração, o doutorando prestava juramento, após o qual, colocando-se «em pé no terceiro degrau em baixo do padrinho, pedirá o grau por sua breve arenga, e o padrinho louvando as letras do graduando lhe dará o grau com suas insígnias estando de joelhos ante ele, a saber, barrete com sua borla, anel e beijo na face, o que assim acabado ir-se-ão a comer e comerão com ele todos os doutores e mestres e toda a Universidade».
O doutor em artes convidava apenas os doutores, mestres e oficiais da Universidade. Como propina do grau, o doutorando pagava cinco dobras de ouro para «a arca do Estudo» e três mil reais ao bedel, «conformando-nos com o estatuto antigo que lhe dava veste forrada».
A data da reforma manuelina, nem todos os lentes eram doutores; por isso, os estatutos determinavam que os lentes de Prima se doutorassem dentro de um ano, isentando-os do «jantar à Universidade» e das dobras para a arca, mas não dos «outros gastos declarados».
A investidura em cada um dos graus era acompanhada de juramento. Havia pontos comuns. Todos se obrigavam a só receberem o grau imediato na Universidade de Lisboa, a obedecerem ao reitor e a acompanharem «sempre a Universidade em suas procissões se não forem impedidos por justa causa», mas para além disto, impunham-se compromissos especiais para alguns. Assim, os graduados juristas juravam que não aconselhariam nem advogariam contra a Universidade, os doutores, que defenderiam «segundo sua possibilidade a santa fé católica e a santa madre igreja e a república cristã especialmente destes reinos e cidade», e os lentes, que leriam «fielmente aos escolares e a seu proveito».
O provimento definitivo das cátedras e o das substituições interinas fazia-se por concurso, cujo edital se afixava à porta da Universidade durante vinte dias. Qualquer dos graus universitários habilitava ao concurso, jurando os concorrentes ou opositores, como então se dizia, que não dariam nem prometeriam por si ou por outrem dinheiro ou coisa que o valesse a outros opositores para desistirem ou aos votantes para lhes darem seu voto, sob pena de exclusão do concurso e de pagarem vinte cruzados de ouro para a arca do Estudo. Para garantia do juramento os concorrentes prestavam fiança. Decorrido o prazo de vinte dias, o reitor indicava para cada candidato a matéria de três lições, que deviam ser feitas em dias consecutivos e podiam ser livremente criticadas pelos outros opositores. Os catedráticos não arguiam. Após as provas de todos os candidatos procedia-se à votação. Para este efeito, o bedel escrevia o nome de cada opositor em papéis separados, «em escritinhas como se antigamente costumou», distribuindo-os pelos votantes, que eram o reitor, os lentes de todas as Faculdades que «no Estudo fizerem exercício de letras, lendo, ouvindo e não tiverem outro ofício de julgar ou procurar», e os estudantes da respetiva Faculdade, que tivessem completado dois anos de curso e fossem assíduos. O reitor tinha dois votos. A votação fazia-se à porta fechada, na casa do conselho, e cada votante, antes de lançar num chapéu o voto e rasgar os papéis com os nomes dos que reprovava, era perguntado e jurava que o não movia a amizade, parentesco ou gratidão, e que votaria no mais letrado, lesse melhor e com mais aproveitamento dos alunos. O bedel escrevia o rol dos votantes, e em seguida contavam-se os votos. Havendo empate, era preferido o opositor que tivesse maior grau; em igualdade de grau, o que fosse mais antigo no mesmo grau, e no caso de serem ainda iguais, gozava de preferência «o de melhor geração». Cumpria ao reitor fazer o provimento no candidato triunfante, mas o provimento definitivo carecia de confirmação régia ou do protetor da Universidade. Se ao concurso tinham concorrido indivíduos de grau diverso e o candidato aprovado era de grau inferior ao de um candidato excluído, no prazo de um ano devia tornar-se-lhe igual, prestando as provas do grau que possuía o candidato excluído mais categorizado. Assim, se um bacharel concorresse com um licenciado ou um doutor e obtivesse a cátedra, devia, respetivamente, fazer ato de licenciado ou de doutoramento dentro de um ano a contar do provimento, sob pena de privação da cátedra ipso facto. Foi para estes casos que os estatutos previram expressamente a concessão da «suficiência», ou dispensa da frequência de cursos.
Nos estatutos manuelinos o magistério é considerado como uma profissão digna, e tão absorvente que o lente não devia exercer qualquer outra profissão «para bem servir sua cadeira e fazer proveito aos escolares»; por isso lhes era defeso o exercício da advocacia e da judicatura sob pena de serem privados ipso facto da cátedra. Os catedráticos que fossem doutores e os lentes de Teologia, que eram designados desde tempos antigos por mestres, podiam jubilar-se com metade do ordenado, depois de vinte anos de exercício contínuo.
Na administração escolar, a reforma trouxe algumas inovações, que cercearam a autonomia tradicional, pois todos os ofícios, salvo o do chanceler, careciam da confirmação do protetor ou do rei.