O Ginásio e a Academia são as instituições que correspondem a estes ciclos educativos — naquele, destinado à puerícia, mediante lições obrigatórias e com continuidade, nesta, destinada à adolescência, mediante lições públicas e livres, mas tanto uma como outra organizadas em ordem à pie tas literata, com planos de estudos que conjuguem a formação religiosa com a preparação geral para a especialização das carreiras civis.
Sob dois pontos de vista cumpre considerar o ginásio de Estrasburgo, organizado por Sturm: o da orgânica e o do plano e método de estudo.
Na orgânica do seu colégio, que Sturm foi buscar, em parte, à escola de Liège, os alunos agrupam-se em classes anuais, dividindo-se as classes em decúrias. Os exames eram feitos no fim do ano, premiando-se os alunos de melhor aproveitamento. De início (1538), Sturm estabeleceu nove classes e mais tarde (1565), dez, que, de facto eram oito, pois as duas primeiras, constituídas pelos alphabetarii, equivaliam à escola preparatória de ler e escrever, o latim e o alemão conjuntamente.
Como escola caracterizadamente humanista, o ginásio de Sturm tem por objetivo capital o domínio do latim.
No plano de estudos de 1565, que é como que a revisão do plano de 1538, estabelece-se a seguinte distribuição de matérias em ordem a este objetivo:
Primeira classe: aprendizagem da leitura, da escrita e dos elementos das declinações e das conjugações latinas; o Catecismo aprendia-se em texto alemão. Segunda classe: desenvolvimento do estudo das conjugações e adquisição de vocabulário latino expressivo de objetos usuais. Terceira classe, com a qual começava, de facto, o ensino ginasial entendido como ensino secundário: adquisição de vocabulário, estudo das partes do discurso, leitura e explicação das Epístolas de Cícero e primeiros exercícios de redação. Quarta classe: estudo da sintaxe, leitura das Epístolas de Cícero e exercícios de redação; ao domingo, tradução do Catecismo para latim. Quinta classe: exercícios de redação, tradução e comentário de excertos de Terêncio e do Volumen poeticum, organizado por Sturm, e início do estudo do grego; ao domingo, tradução do Catecismo para latim e leitura de Epístolas de São Jerónimo. Sexta classe: adquisição de vocabulário abstrato e pouco comum, composição de versos, exercícios de estilo e de retroversão; continuação do estudo do grego, e ao sábado e domingo, leitura e interpretação das Epístolas de São Paulo. Sétima classe: explicação de autores, notadamente as Orações de Cícero, Sátiras de Horácio, os Adelfos, de Terêncio, exercícios de estilo, estudo do grego pela Crestomatia, de Sturm, e ao sábado e domingo, paráfrase das Epístolas de São Paulo. Oitava classe: estudo da Retórica, com base no Volumen exemplorum de Sturm, e leitura de Cícero e de Demóstenes; leitura de Homero e das Epístolas de São Paulo; exercícios de estilo. Nona classe: leitura e interpretação pelos alunos dos grandes oradores romanos e gregos; redação de discursos e representação pelos alunos de peças teatrais latinas e gregas. Décima classe: Retórica e Dialética referidas diretamente a Demóstenes e a Cícero, explicação das respetivas regras, traduções de Tucídies e de Salústio e representações teatrais, semanalmente.
Nas duas primeiras classes a frequência era obrigatoriamente anual; nas restantes, os alunos com melhor aproveitamento podiam passar para a classe seguinte após frequência de seis meses. As passagens de classe verificavam-se pela Páscoa e pelo São Miguel, em cerimónia de alguma solenidade, com distribuição de prémios e na presença de autoridades e de professores.
Cada classe tinha cinco horas de aula diariamente, e o respetivo horário, como aliás noutros ginásios da época, era muito diferente do geralmente aplicado no nosso tempo. No Verão, a primeira aula era às 6 da manhã; a segunda, às 9; a terceira e a quarta, das 12 às 14; e a quinta, às 15; às quintas-feiras havia somente a aula das 6 horas, e aos sábados, da parte da tarde, tinha lugar a lição de catecismo e de canto. No Inverno, a primeira lição começava às 8 horas.
O regime de férias também era diferente: 10 dias pelo Natal; 15 pela Páscoa; 3 no Pentecostes; 2 em Santo Adolfo; 3 semanas pelo São João e em Setembro, pelas vindimas.
Do plano de lições ressalta a ausência do estudo da língua materna, o total predomínio do latim, cujo estudo nas primeiras classes tem por finalidade a latinitas pura e nas últimas, a latinitas ornata, o valor secundário do grego e da versificação e a exclusão dos conhecimentos reais de história, de Geografia e das Ciências Naturais. Na metodologia, acusa-se o repúdio da aprendizagem do latim pelo método dos colóquios e pelas leituras cursivas, substituindo-se esta prática, no fundo superficial, pela adquisição de vocabulário, que Sturm procurou coadjuvar organizando alguns compêndios, designadamente o Onomasticon puerile, constituído por palavras e locuções da vida quotidiana e do culto religiosos, e ainda pela elaboração de cadernos (diaria) nos quais os alunos inscrevessem as palavras dignas de nota. São também de notar a precedência da Gramática em relação à explicação de textos e ao estudo da Retórica, e a preferência de Cícero como modelo do vocabulário, da sintaxe e do estilo, em termos não muito distantes da «ciceromania», visto a obra ciceroniana constituir como que o centro e principal matéria de estudo.
A imitação estilística que Erasmo verberara, constituía, assim, um exercício capital no Ginásio de Estrasburgo, mas Sturm como que lhe atenuou os defeitos recomendando que os alunos aplicassem ao mesmo tempo a memória e a razão, nada decorando que lhes não tivesse sido explicado previamente. Era um só o livro de uso em cada classe, em regra de redação ou de edição do próprio Sturm. Os mestres eram obrigados a ensinar com o mesmo método, dentro da mesma orientação e respeitando o programa estabelecido, pelo que se pode considerar que Sturm concebeu e aplicou o princípio da concentração do ensino e do regime de classes.
O Ginásio de Estrasburgo gozou de larga fama e teve numerosa frequência, dizendo-se que por volta de 1578 o frequentavam para cima de mil alunos; modelo de organizações congéneres, designadamente em Lauingen, Trarbach e Gotinga, é geralmente considerado como a mais perfeita organização de ensino secundário de humanidades nos países germânicos, a despeito do exclusivismo e da estreiteza do seu plano de estudos. Alguns historiadores consideram-no fonte da orgânica dos Studia inferiora dos colégios da Companhia de Jesus, o que, aliás, tem sido contestado.
Em correlação direta com o Ginásio fundou Sturm, também em Estrasburgo, em 1565, a Academia, que Maximiliano II reconheceu em 1566, com autoridade para conferir somente os graus de bacharel e de mestre de artes.
Limitada ao ensino das letras, pois os demais cursos de Teologia, de Direito e de Medicina, não tiveram continuidade, foi em 1621 erigida em Universidade, a qual constitui exemplo de uma organização Universitária de raízes ginasiais.
Na atividade escolar dos reformados de língua francesa sobressai João Calvino (1490-1564) com a fundação efetiva do Colégio de Genebra, de que foi principal Teodoro de Bèze; o ensino era ministrado, de início, em sete classes, das quais as duas primeiras se destinavam ao estudo das primeiras letras.