A Contra-Reforma não foi somente um movimento de oposição à Reforma protestante e a sua expansão, porque desentranhou do espírito que a animou, da tradição escolástica e da incorporação da cultura humanista, atividades e criações que a singularizam institucional e culturalmente, notadamente na renovação da Teologia e da Filosofia escolástica, no florescimento da literatura mística, principalmente na Espanha, e nas manifestações da arte, cuja peculiaridade se designa correntemente de barroca.

O concílio de Trento (1545-1563), reunido «para a extirpação das heresias» e «para a reforma do clero e do povo cristão», é o mais significativo acontecimento da Contra-Reforma, pelas decisões de unidade doutrinal, notadamente com a uniformização do Catecismo Romano (Catechismus ex decreto Conc. Tridientini ad parochos, Roma, 1566), e pelas determinações e consequências de carácter pedagógico, designadamente o fortalecimento da ortodoxia no ensino, o cultivo dos estudos teológicos, a proibição da publicação anónima de escritos de doutrina religiosa, a criação de seminários diocesanos pelos respetivos prelados, destinados à formação de sacerdotes, o incentivo à atividade docente das ordens monásticas e a instituição de escolas de ensino elementar e gratuito. O ensino e o ideal formativo tornaram-se, assim, estímulos e condições vitais da preservação e do fortalecimento da ortodoxia, surgindo, consequentemente, individualidades e novas associações e institutos religiosos que se devotaram à efetivação das determinações e anelos educativos do Concílio tridentino.

Nos países de mais zelante e fervorosa ortodoxia operou-se, consequentemente, a reorganização das Universidades em ordem à unidade confessional. Pessoalmente, nos termos da bula de Pio IV, In sacrosancta Beati Petri, de 1564, cumpria aos professores das universidades católicas e aos que nelas se graduavam a prestação da profissão de fé ortodoxa; e doutrinalmente, singularizaram-se algumas Universidades pelo desenvolvimento dos estudos teológicos e pela revogação da temática filosófica da Escolástica. Assim, em Lovaina, produziu-se a substituição do ensino teológico tradicional, de sentido geral, pelo da especialização Escriturária e da Teologia dogmática e polémica; em Salamanca, Francisco Vitória, catedrático de Prima de Teologia, substituiu o comentário às Sentenças de Pedro Lombardo, que era tradicionalmente o texto fundamental, pelo da Suma Teológica de São Tomás de Aquino, determinando novo curso aos estudos teológicos, e em Portugal, empreendeu-se o comentário a Aristóteles, conhecido pelo Curso dos Conimbricenses. Na Alemanha católica é de notar especialmente a Universidade de Wurtzburgo, na Baviera, inaugurada em 1582, e cuja organização e plano de estudos a tornaram instituição representativa do espírito da Contra-Reforma.

Todos os países católicos tiveram por então individualidades que se esforçaram por levar à prática as determinações pedagógicas do Concílio tridentino; assim, por exemplo São Carlos Borromeu, na Itália e Frei Bartolomeu dos Mártires, em Portugal. São Carlos Borromeu (1538-1584), em particular, é digno de atenção, já pela fundação de seminários, de escolas de doutrina cristã e da congregação dos Oblatos de Santo Ambrósio, de fins educativos, já como colaborador do texto oficial do ensino catequístico, o Catecismo Romano, sendo por seu estímulo que o cardeal Sílvio Antoniano redigiu os Tre libri dell'educazione christiana dei figliuoli (Verona, 1583) considerado um dos mais representativos escritos da pedagogia da Contra-Reforma.

A situação religiosa e cultural na época da gestação da Reforma já havia suscitado a constituição de institutos religiosos votados ao ensino, como a Congregação dos Teatinos, fundada em 1524, por São Caetano de Siena, e a das Ursulinas, fundada em 1535 por Santa Ângela Morici, de Bréscia, com o objetivo da educação feminina. Depois do Concílio de Trento, porém, este movimento alargou-se e intensificou-se, notadamente em relação ao ensino da doutrina cristã, cujas prescrições docentes Pio V reiterou e precisou na bula Ex debito pastoralis officio (1571). Surgem assim, principalmente em Itália, Companhias e Escolas de doutrina cristã e institutos de sacerdotes seculares votados ao ensino, notadamente a Congregação do Oratório, fundada por São Filipe de Neri em Roma (1575) cuja ação pedagógica, mormente depois da sua introdução em França pelo cardeal de Berulle (1611), será adiante considerada, e a fundação das Escolas Pias, em Roma, em 1597, por São José de Calazans, que institucionalmente assinalam as primeiras escolas populares gratuitas.

Nenhuma atividade pedagógica da Contra-Reforma alcançou, porém, a significação e a influência da que a Companhia de Jesus levou a cabo no plano dos estudos preparatórios. Criada em Paris, com poucos membros, em 1534, por Inácio de Loyola (1491-1566), canonizado em 1622, a nova congregação recebeu do seu fundador a designação de Companhia de Jesus em 1537, a qual foi reconhecida pelo pontífice Paulo III em 1541, pela bula Regimini Ecclesiae militantis.

A Companhia de Jesus não trouxe consigo a formulação de novas conceções pedagógicas. Congregação essencialmente ativa, de proselitismo militante, teve propriamente em vista a restauração da unidade católica mediante a catequização, o ensino e a doutrinação; por isso, é no terreno da metodologia e da prática formativa que a sua atividade pedagógica se singularizou, a bem dizer desde os primeiros tempos da sua existência.

Com efeito, as Constituições (1540) da incipiente congregação logo consignaram na quarta parte um conjunto de determinações pedagógicas em ordem à formação dos futuros jesuítas, as quais estabelecem as diretivas fundamentais e as linhas gerais do sistema educativo. Neste primeiro regimento de estudos não se instituem estabelecimentos de ensino, mas prevê-se a fundação de colégios nas cidades onde existem Universidades, em ordem, fundamentalmente, à formação religiosa; nos limites desta finalidade, e na medida em que a sirvam, prescreve o estudo das letras humanas, da Lógica, da Filosofia natural e moral, da Metafísica e da Teologia escolástica e positiva e estabelece o modo de estudo e os autores a explicar, notadamente São Tomás de Aquino e Aristóteles.

Estabelecendo as bases e diretivas pedagógicas fundamentais, as Constituições não excluíam a iniciativa na respetiva adaptação às circunstâncias, as quais suscitaram a fundação de estabelecimentos de ensino abertos a escolares leigos, já em consequência da atividade missionária, que notavelmente singulariza a Companhia de Jesus e fez surgir a conveniência da catequização de crianças se acompanhar do ensino das primeiras letras, já, e principalmente, em virtude do próprio ideal da Companhia, de fortalecimento da unidade doutrinal sob o primado da Santa Sé, o qual requeria o exercício da atividade docente, tanto mais que por toda a parte se instituíam escolas e colégios, que não raro eram a expressão atuante da luta confessional e doutrinal. «A renovação do mundo está na educação das crianças (Puerilis institutio est renovatio mundi), disse o Padre João Bonifácio (1538-1606), jesuíta salmantino, numa frase que se tornou como que proverbial.