O bacharel Rui Lopes leria, no primeiro semestre, das 4 às 5 da tarde, e no segundo das 9 às 10 da manhã.

Este regimento prescreveu uma didática idêntica à do regimento da Instituta, e quanto à matéria determinou que no primeiro e segundo ano os quatro lentes leriam sobre o Código, na parte que respetivamente a cada um fosse determinada pelo Reitor e conselheiros, por forma que ao cabo dos dois anos estivesse lido todo o Código; e no terceiro, os mesmos lentes leriam sobre o Digesto, a saber, no primeiro trimestre, no Esforçado, no segundo trimestre, no Digesto Novo, e no tempo restante até final do ano letivo, os títulos do Digesto Velho que o Reitor e conselheiros determinassem a cada um.

Para a matrícula neste primeiro curso de Leis era indispensável ter ouvido Instituta, e durante os três anos os estudantes não podiam frequentar outras lições de Direito salvo «a cadeira de prima e de bespora e no Inverno poderam ouujr a dita cadeira de bespora ou a cadeira do dito curso concorrer aa mesma ora».

b) Segundo curso           

Como o anterior, este curso compreendia 6 lições diárias, lidas pelos seguintes mestres:          

- Licenciado Agostinho Fernandes, que leria duas lições, respetivamente, no primeiro semestre das 9 às 10 da manhã e das 2 às 3 da tarde, e no segundo das 5 e meia às 6 e meia da manhã, e das 2 às 3 da tarde.

- Doutor João Pacheco, que leria duas lições, no primeiro semestre das 10 às 11 da manhã e das 3 às 4 da tarde, e no segundo, das 8 às 9 da manhã e das 3 às 4 da tarde.      

- Bacharel Aires Pinhel, que leria igualmente duas lições, no primeiro semestre da 1 às 2 e das 4 às 5 da tarde, e no segundo, das 9 às 10 da manhã e das 5 às 6 da tarde         

Obedecendo às prescrições didáticas já expostas, estes lentes leriam no primeiro trimestre sobre a matéria do Esforçado, no segundo trimestre sobre o Digesto novo, e no tempo restante os títulos do Digesto velho que o Reitor e conselheiros consignassem a cada um.           

Como era necessário, este regimento estabeleceu um regime transitório; assim, no ano letivo 1539-40, poderiam frequentar o segundo curso os estudantes que houvessem feito Insituta e ouvissem há dois anos leis, mas a partir do ano letivo 1540-41 a matrícula no segundo curso exigia a frequência prévia dos três anos do primeiro curso além do ano de Instituta.            

c) Terceiro curso             

Como os dois cursos anteriores, o terceiro curso compreendia também 6 lições diárias, que passariam a ser lidas pelos seguintes mestres:       

- Doutor Manuel da Costa, que leria duas lições, no primeiro semestre das 9 às 10 da manhã, e das 2 às 3 da tarde, e no segundo, das 5 e meia às 6 e meia da manhã, e das 2 às 3 da tarde..     

- Bacharel Salvador Fernandes, leria também duas lições, no primeiro semestre das 10 às 11 da manhã e das 3 às 4 da tarde, e no segundo, das 8 às 9 da manhã e das 3 às 4 da tarde..          

- Licenciado Heitor Rodrigues, leria igualmente duas lições, no primeiro semestre da 1 às 2 e das 4 às 5 da tarde, e no segundo, das 9 às 10 da manhã e das 5 às 6 da tarde.   

Instaurando este regimento novo plano de estudos, que não podia ter execução imediata neste ano letivo de 1539-40, fixou o reformador a ordem da respetiva execução nos seguintes termos:       

a) No ano letivo 1539-40, os lentes do terceiro curso teriam como ouvintes os estudantes que tivessem frequentado um ano de Código, e ler-lhes-iam os livros e títulos do Código que os alunos não tivessem ouvido e o Reitor e conselheiros consignassem a cada um dos lentes.    

b) No ano letivo 1540-41, leriam nos Digestos «como he dito q leam os do segundo Curso este ano».

c) A partir do ano letivo 1541-42 leriam «ho que he dito que leam os do primeiro Curso estres tres anos primeiros».

Destes quadros docentes e respetivos horários escolares resulta que os estudantes legistas ouviam diariamente 6 lições de uma hora, lidas pelo menos por três mestres; para lhes evitar a dispersão da atenção e facilitar a comodidade da frequência, o Regimento consignou o princípio da unidade, isto é, as 6 lições de cada dia seriam lidas na mesma aula e recairiam todas sobre o mesmo livro, que os escolares deviam ter presente para acompanharem a lição, sob pena do apontador lhes descontar por cada falta dez dias de curso.

A reforma manteve a duração tradicional do curso completo de Leis, que era de nove anos, porém alterou a duração da frequência necessária para os atos de bacharel e de licenciado; dos 5 que até então se requeriam para o bacharelato passava a ser necessária a frequência de 6 anos, e dos 4 requeridos para a licenciatura, passava apenas a exigir-se a frequência de 3. Os estudantes estrangeiros gozavam do benefício de poderem fazer o bacharelato com a frequência de 4 anos.

Para a execução da reforma, especialmente quanto aos estudantes que a esta data haviam frequentado já alguns anos de Leis, enviou D. João III ao Reitor da Universidade, em carta datada igualmente de 18 de Setembro de 1539, instruções de carácter prático (vid. M. Brandão, Documentos..., cit. vol. I, pp. 190-200).

3) Regimento de Cânones

É de 13 de Outubro de 1539 o novo regimento da Faculdade de Cânones.         

Por este regimento, a matrícula em Cânones exigia a frequência prévia de um ano de Instituta, nos termos do regimento de 17 de Setembro. O curso de Cânones compreendia as seguintes cadeiras: 

a) Cátedra de Prima.    

Seria lida pelo Dr. Martinho de Azpilcueta Navarro, matinalmente às horas costumadas, isto é, no inverno, das 7 1/2 às 9, e no verão, das 6 1/2 às 8.             

b) Cátedra de Véspera.               

Seria lida à tarde, por lente a nomear, no inverno, das 3 ás 4, e no verão, das 4 às 5.    

A matéria destas duas cátedras versava sobre os mesmos textos, a saber, nos primeiros 7 meses sobre as Decretais, nos 2 meses seguintes sobre o Sexto, e no décimo mês, sobre as Clementinas, fixando o Reitor e conselheiros a cada um dos lentes os títulos que deviam ler, tendo em consideração que as lições sobre o Sexto e as Clementinas deveriam reportar-se na medida do possível à matéria lida nas Decretais.      

Didaticamente, prescreveu este regimento normas idênticas às das reformas de Instituta e Leis, tendentes, como já vimos, a evitar que a compreensão e extensão das matérias fossem prejudicadas pelo excesso de erudição e de subtileza crítica.               

c) Cátedra de Decreto. 

Seria lida, matinalmente, por lente a nomear, das 9 às 10 no inverno, e das 8 às 9 no verão. O lente leria a parte do Decreto que lhe fosse assinada pelo Reitor e conselheiro.