Com a mesma data de 16 de Outubro de 1544 há porém outra provisão referente também a Pedro Nunes, pela qual o seu ordenado era aumentado de vinte mil réis anuais, em virtude de perder com a deslocação para Coimbra a moradia que tinha do Infante D. Henrique, futuro Cardeal-Rei.

Estas duas provisões foram publicadas pelo Dr. Teixeira de Carvalho em Dois capítulos da vida de Pedro Nunes, em Revista da Universidade de Coimbra, vol. IV, 1915, pp. 384-385, e pelo Dr. M. Brandão, Documentos de D. João III, ii, pp. 207 e 208).

[ XXXVII ]                                                                                                                                           (§ 163)

SOBRE A MUDANÇA DOS LENTES QUE LIAM EM SANTA CRUZ PARA OS GERAIS DA UNIVERSIDADE

O acontecimento referido neste parágrafo é capital na história da Universidade, em virtude [de] dele resultar o restabelecimento da unidade do governo universitário.

São de transcrever os seguintes judiciosos períodos do Dr. Mário Brandão, em Universidade de Coimbra. Esboço da sua história, cit., pp. 191-192;

«As divergências entre a Universidade e Santa Cruz degeneraram em verdadeiro conflito quando do reitorado tomou conta o irascível e despótico D. Bernardo da Cruz, a quem o rei nomeara por carta de 28 de Abril de 1541. E tão afrontados se sentiram os crúzios com as desconsiderações do reitor, que Fr. Brás de Braga chegou a pedir, segundo parece, ao rei escusa do cargo de governador do Mosteiro.

«Foi certamente com o intuito de harmonizar a Universidade e o convento, que, quando terminou o reitorado do bispo de São Tomé, D. João III designou como sucessor um amigo de Fr. Brás de Braga, seu irmão pela profissão religiosa na ordem de São Jerónimo, e seu antigo condiscípulo nas Universidades de Paris e Lovaina. Em boa hora nomeou Fr. Diogo de Murça, pois deu à Universidade um dos seus mais insignes prelados! E não tardaram muitos meses sem que o reitor e o reformador tivessem chegado já a completo acordo, que satisfazia inteiramente os desejos da Universidade. O próprio Fr. Brás de Braga escreveu ao rei ponderando-lhe a conveniência, para concórdia e sossego da Universidade e quietação e clausura dos cónegos regrantes, de todos os lentes dos colégios transitarem para os gerais da Universidade. Jubilosamente aceitou D. João III a sugestão, pois lhe permitia reparar um erro cujos efeitos tanto perturbaram a vida escolar durante sete anos, e em 22 de Outubro de 1544 determinou a mudança daqueles professores. Assim volveram a reunir-se todas as faculdades sob a direção dum único reitor.»

[ XXXVIII ]                                                                                                                                         (§ 164)

SOBRE OS DOCUMENTOS REFERENTES A TRANSFERÊNCIA DAS ESCOLAS DO MOSTEIRO DE SANTA CRUZ PARA OS GERAIS DA UNIVERSIDADE

Os documentos oficiais relativos a este importante assunto são os seguintes: 

1) Carta determinando a transferência dos lentes de Teologia, Medicina, Artes e Latinidade dos Colégios de Santa Cruz para a Universidade, de 22 de Outubro de 1544; publicado por Leitão Ferreira, e em rigorosa transcrição pelo Dr. Mário Brandão nos citados Documentos de D. João III, vol. II, pp. 210-213.       

2) Alvará da mesma data de 22 de Outubro; publicado pelo Prof. Dr. Rocha Brito em O primeiro dia d'aula.., cit., pp. 9-10, e pelo Dr. Mário Brandão, loc. cit., pp. 214-215.   

3) Carta para o reitor da Universidade, Fr. Diogo de Murça, da mesma data; publicada pelo Dr. Mário Brandão, loc. cit., p. 216.      

4) Carta para o Cancelário da Universidade, Dom Prior de Santa Cruz, da mesma data; publicada por Fr. Nicolau de Santa Maria no t. II, p. 294, da Chronica da Ordem dos Conegos Regrantes, e daí transcrita por Leitão Ferreira, e pelo Dr. M. Brandão, loc. cit., p. 217, que a considera suspeita de deturpação.        

Leitão Ferreira resumiu a carta dirigida ao Reitor Fr. Diogo de Murça, em termos que não são absolutamente rigorosos, talvez por salto do copista, pois Carneiro de Figueiroa narra exatamente os factos. Assim: D. João III ordenou que os moradores nos Paços despejassem as suas habitações, «tirando» D. António da Silva, João Gomes da Silva, a quem se não refere Leitão ferreira, e o Doutor Navarro, Martinho de Azpilcueta. João Gomes da Silva é que era filho do Regedor [das Justiças da Casa da Suplicação, João da Silva].

A moradia nos Paços de Mestre Pedro de Figueiredo, se porventura se verificou nesta ocasião da transferência, foi graciosamente concedida pelo Reitor, que não por El-rei. Pedro de Figueiredo ocupava «tres entresolhos», e quando pretendeu que sua mãe, «pobre e velha», vivesse em sua companhia, o Reitor teve escrúpulos em deferir a pretensão, que D. João III, a pedido do próprio Pedro de Figueiredo, deferiu por carta de 30 de Junho de 1545 (vid. Mário Brandão, eo. loc., p. 259).

[ XXXIX ]                                                                                                                                              (§ 178)

SOBRE A DURAÇÃO DA AUGUSTINIANA E DOS QUODLIBETOS NA ORGANIZAÇÃO UNIVERSITÁRIA DE COIMBRA

A Augustiniana e os Quodlibetos persistiram até à reforma pombalina, observando justamente o Doutor Bernardo António Serra de Mirabeau, na sábia Memoria historica e commemorativa da Faculdade de Medicina nos cem annos decorridos desde a reforma da Universidade em 1772 até o presente, Coimbra, 1872, pp. 108-109, que «Dos velhos costumes universitarios o que mais se protrahiu depois da Reforma, e o que mais custou a extirpar, foi a argumentação viciosa nos atos de conclusões magnas.»

Anotando esta afirmação, escreveu ainda o mesmo notável professor: