c) Nestes atos não haveria presidente e os candidatos deixariam de ter padrinho; porém o doutor mais antigo da Faculdade em que se fizesse o exame podia dirigir e resumir os argumentos e respostas.
d) Terminadas as provas de todos os candidatos, proceder-se-ia imediatamente, no próprio dia em que fosse prestada a derradeira prova, à decisão, que seria dada em conjunto; o Reitor, os lentes de Cânones e de Leis, os conselheiros e deputados que fossem graduados em Cânones ou Leis, como membros do júri, votariam em relação a cada candidato a respetiva aprovação, «penitência» ou adiamento, lugar ou precedência.
Os votos seriam dados de viva voz, apenas perante o Reitor e os dois doutores mais antigos da respetiva Faculdade, e exarados pelo escrivão; no caso do vogal votar a «penitência» cumpria-lhe propor o tempo que entendia necessário para que o candidato pudesse repetir o exame.
Apurados os votos, lavrar-se-iam dois autos:
1) Dos candidatos reputados não suficientes e do respetivo tempo de penitência; este auto seria assinado pelo Reitor e pelos referidos doutores mais antigos.
2) Dos candidatos aprovados e respetivas precedências e lugares, também assinado pelos mesmos indivíduos.
Só este último auto seria lido publicamente, na Universidade, pelo escrivão, porque o dos penitentes apenas seria comunicado aos interessados «em segredo», no dia seguinte, pelo escrivão, perante o Reitor assistido dos dois doutores mais antigos.
As modificações introduzidas por este Regimento de exames de 24 de Outubro de 1541 haviam sido sugeridas pelo Reitor da Universidade; aprovadas oficialmente, D. João III, em carta de 26 de Outubro do mesmo ano, dirigida ao Reitor (M. Brnadão, ibid., p. 70) resumiu as disposições do referido Regimento. Apesar desta feição da carta, notam-se nela duas disposições que se não leem no regimento: a multa de um cruzado aos lentes que não comparecessem à hora dos exames, e sua substituição nas lições por outros letrados, quando o serviço de exames colidisse com o horário das aulas.
5) Despesas dos graus de licenciatura e doutoramento
O alvará de 27 de Outubro de 1539, modificando as disposições anteriores, fixou aos licenciandos e doutorandos a forma como deviam festejar a concessão dos respetivos graus (vid. Noticias Chronologicas, II, p. 759), apesar de mais económica do que havia sido anteriormente na Universidade de Lisboa, e de se pretender igualar as despesas, a realidade veio a mostrar que os candidatos ricos despendiam largamente, associando «nos tempos de se haverê de graduar com o cujdado de seu estudo outros cujdados de fazer despesas crendo q tambem nisso estaa allgüa parte de mereçiment° no tomar de seus graaos o q he m contrayr° aa boã hordê do estudo & ajnda q em alguüs outros estudos posa aver o tall costume eu o ey p muy escusado e de todo conta o bem do estudo homde nhü outr° preço ne contentamt° deue daver senaõ o que cada huü poder tirar do fructo de sus letras & asy deuê de ser niso jgoaeg os ricos & os pobres».
Por estas razões, alegadas na carta régia de 7 de Maio de 1541 (Mário Brandão, ibid., p. 15), ordenava ao Reitor o mesmo documento que proibisse aos graduandos, de futuro, que fizessem despesas diversas das determinadas pelo Regimento, e se coibiu o abuso da distribuição de propinas a todos os oficiais da Universidade (Carta de 1 de Setembro de 1541, em M. Brandão, ibid., p. 52).
c) Regime da escolaridade
Na última quadra do ano letivo 1540-1541, como é legítimo supor, apareceram afixados na Universidade pasquins difamatórios.
Desconhece-se o teor de tais papéis, a pessoa ou pessoas visadas, e, por maioria de razão, o respetivo autor, que, como é de uso, se escondeu no anonimato. O facto, porém, verificou-se, pois só assim se explica o rigor da determinação régia, prescrevendo em 1 de Julho de 1541 ao conservador da Universidade, o licenciado Estêvão Nogueira, que procedesse à devassa e julgamento dos autores de invectivas, cartas e trovas «de mall dizer», quando difamatórias e afixadas à porta das Escolas ou dentro destas. Da sentença podia haver apelação e agravo nos casos admitidos pela Ordenação (vid. M. Brandão, Documentos..., cit., vol. II, pp. 17 e 26).
Da mesma data de 1 de Julho de 1541 há um alvará pelo qual se proíbe aos criados e familiares dos lentes e estudantes o porte de espadas no terreiro das Escolas ou dentro delas, e se autorizam os meirinhos da Universidade e da cidade e os alcaides da cidade a proceder contra os infratores, apreendendo-lhes as armas e a incriminá-los (M. Brandão, ibid., p. 20).
Ignoramos os acontecimentos que deram ensejo a esta proibição, e se ela tem alguma relação com a devassa acima referida; seja como for, a vida escolar, no período que consideramos, foi, sem dúvida alguma, assinalada por incidentes ruidosos e picarescos, pois além dos factos aludidos cumpre ainda notar a referência da carta de D. João III ao reitor da Universidade, de 4 de Julho de 1541, relativa «aa soiça m Custosa q alguús estudantes este ano fizeram de q vos m escandelizastes por nã ser Cousa destudantes», e que por isso seria de futuro proibida (M. Brandão, ibid., p. 29).
Da citada carta de 4 de Junho consta ainda a referência ao auto que o Juiz de fora moveu contra o estudante D. António da Silva filho do Conde de Portalegre (?), por motivo de ofensas dirigidas contra o meirinho da Universide.
D. António da Silva confessou-se arrependido, e parece que o auto foi trancado, avocando el rei a si a decisão, apesar de lhe parecer «mal!» o procedimento do estudante fidalgo (M. Brandão, ibid., p. 29).
Finalmente, pela carta régia de 1 de Setembro de 1541 foi determinado que os estudantes respeitassem a recente postura da cidade, pela qual, corrido o sino, nenum morador do burgo tivesse a porta da sua casa aberta, para «evitare alguús males q se se diso seguiam» (M. Brandão, ibid., p. 51).
É possível que estes «males» digam respeito a incidentes turbulentos dos estudantes.
d) Disposições referentes ao funcionalismo e aos serviços da Universidade
1) Pelo alvará de 1 de Junho de 1541 foi autorizado o conservador da Universidade a trazer vara branca pela cidade, «quamdo lhe parecer necesario per bem de Justiça asy como lhe tenho dado liçemça que a tenha nos autos pubricos E ysto ey asy por bem pera que os estudantes tenham mais obidiençia e acataméto ao dito cõseruador» (M. Brandão, ibid., p. 19).
2) Por carta de 4 de Julho de 1541, dirigida ao Reitor da Universidade e recebida em 10 de Agosto, determinou D. João III que o prelado universitário escolhesse, no paço das escolas, local adequado para instalar a livraria da Universidade, para o que ordenara a Vasco Ribeiro, vedor das obras, que lhe cedesse o local escolhido, e a Nicolau Leitão, recebedor da Universidade, que da Universidade de Lisboa trouxera os livros para Coimbra, que mandasse fazer as estantes «pla ordenança que ho bpo rector disser». O alvará dirigido a Nicolau Leitão fora anterior à carta, pois tem a data de 17 de Junho de 1541 (M. Brandão, ibid., pp. 25 e 16).
3) Por alvará de 4 de Julho de 1541 foi incumbido o Licenciado Francisco de Mariz, do Desembargo do Paço e ao tempo lente de Leis (vid. Noticias Chronologicas, II, p. 763), de substituir o conservador da Universidade, Licenciado Estêvão Nogueira, em todos os casos em que este fosse demandado ou pessoalmente demandasse. Este Alvará confirmava oficialmente a nomeação de Francisco de Mariz, que havia sido feita pelo Reitor e conselho da Universidade (M. Brandão. ibid., p. 34).