1) Despachar as petições das partes. O deferimento de pretensões referentes a casais e bens que já haviam sido emprazados e se costumão emprazar em vidas carecia de confirmação régia.
2) Fazer pregões dos prazos vagos, depois de se proceder à respetiva vedoria, cuja renda para o senhorio útil fosse até 30 mil réis; nos de renda superior a esta quantia deveriam em princípio ser administrados pela própria Universidade, mas poderiam também ser emprazados com autorização régia. Era vedada a divisão de prazos.
3) Ordenar ao vedor, só ou na companhia do procurador ou do escrivão, a inspeção dos autos dos respetivos arrendamentos.
4) Aforar maninhos, guardando-se a Ordenação das sesmarias.
5) Dar licença às partes para compra e venda de quaisquer propriedades.
6) Prover nas demarcações dos prédios, nos aforamentos feitos em fateusim, nas guardas das matas e pinhais, no pagamento dos ordenados e salários dos lentes e oficiais da Universidade, nas esmolas e despesas da Mesa, nas procurações gerais e especiais, no pagamento dos rendeiros e no recebimento e contas do recebedor, no preenchimento dos ofícios nas vilas e lugares que haviam sido do Priorado, na confirmação e conservação dos padroados das Igrejas.
7) E finalmente, mandar proceder à reparação de todos os edifícios pertencentes à universidade e reivindicar os que lhe pertencessem.
Como remuneração pelo desempenho destes serviços, o Reitor recebia anualmente dois moios de trigo e quatro de cevada, e cada um dos dois lentes um moio de trigo e dois de cevada (M. Brandão, Docs. cits., III, p. 191).
d) Estudantes:
a) Matrículas: Por alvará de 6 de Abril de 1548 foi determinado que a matrícula nas Faculdades de Leis e de Cânones só seria autorizada aos estudantes que provassem por certidão do principal do Colégio das Artes que nele haviam frequentado o curso anual de Lógica; e aos que pretendessem matricular-se em Teologia e Medicina deveria exigir-se a certidão probatória da frequência no mesmo Colégio de todo o curso de Artes, a qual seria passada pelo respetivo principal (Vid. M. Brandão, Docs. cits., III, p. 144).
b) Estudantes de Artes: Por alvará de 6 de Abril de 1548, o principal do Colégio das Artes podia requerer ao conservador da Universidade que o meirinho prendesse os estudantes artistas que não quisessem ir às aulas, tomando no caso a resolução conforme ao regimento do Colégio (M. Brandão, Docs. cits., III, p. 145).
Dias depois deste alvará era expedido outro, em 24 de Abril, determinando que no Colégio houvesse um indivíduo com o encargo de ir buscar e chamar os estudantes que faltassem às aulas (Id., ib., p. 153).
c) Estudantes canonistas e legistas: O alvará de 23 de Maio de 1548 determinou que estes estudantes fizessem os exames para bacharel em Julho, e não em Agosto como determinavam os Estatutos.
e) Jurisdição do Conservador
O alvará de 30 de Maio de 1548 fixou a alçada do Conservador nos feitos e casos de estudantes e demais pessoas da Universidade nos seguintes termos:
a) Acoutar e degradar piais de soldada ou que vivam do seu braço.
b) Desorelhar escravos.
c) Degradar para os «lugares de além» e coutos do reino aos seguintes indivíduos: escudeiros e vassalos que não forem de linhagem, quando a pena não fosse de quatro anos; e oficiais mecânicos, não indo o degredo além de três anos. Destas sentenças não havia apelação nem agravo, se se tratasse de casos previstos e expressamente cominados nas Ordenações.
d) Estabelecer penalidades até mil réis.
e) Julgar sem apelação nem agravo ações cíveis até quatro mil réis em bens móveis, e até dois mil réis nos imóveis.
J) Preparar os autos para o Corregedor da Corte relativos a fidalgos cavaleiros e escudeiros de linhagem ou vassalos, assinando-lhes termos.
Por outro alvará, de 5 de Junho, foi o novo Conservador da Universidade, desembargador Dr. Garcia de Carvalho, autorizado a passar e dar cartas de seguro aos estudantes e pessoas da sua jurisdição nos casos e forma em que as passava o Corregedor da Comarca (M. Brandão, Docs. cit., pp. 171-172, e 174).
f) Extensão do foro académico
Por alvará de 10 de Abril de 1548 foram tornados extensivos os privilégios da Universidade, «como se... ffosem estudamtes matriculados no 1º della», aos seguintes empregados do Colégio das Artes que Mestre André de Gouveia nomeasse: sapateiro, alfaiate, barbeiro, cereeiro, boticário, síndico e um procurador, isto é, o indivíduo que o «primçipal tomar pera requerer & neguoçear as cousas do dito colegio» (Vid. Mário Brandão, Docs. cit., III, p. 146).
g) Imprensa da Universidade
Por alvará de 21 de março de 1548 foi ratificado o contrato que o Reitor da Universidade, Fr. Diogo de Murça, havia feito por comissão real com os impressores João de Barreira e João Álvares «pera avérê e ter impresão na... vniversidade», com o estipêndio anual de doze mil réis, pagos às terças pelas rendas da Universidade (Vid. Dr. Mário Brandão, Docs. cit., III, pp. 141-142).
Da petição de aumento de ordenado que Fernão Lopes de Castanheda dirigiu a D. João III e inserta no alvará que lho concedeu (vid. hic., s.v. Funcionalismo), consta que o material tipográfico deveria ser apreciável, pois é avaliado em setecentos e sessenta e tantos mil réis. Este material, que parece ter vindo para Coimbra em 1547, guardava-se no Paço das Escolas e entre ele contavam-se «muitas figuras de metal»; a oficina estava instalada na Universidade. A guarda e conservação do material foi confiada a Fernão Lopes de Castanheda (Vid. Mário Brandão, Docs. cit., III, p. 140).
Joaquim Martins de Carvalho, no estudo sobre a A Imprensa em Coimbra, que constitui a segunda parte dos Apontamentos para a História Contemporânea, Coimbra, 1868, p. 282, escreveu:
«Estes dois célebres impressores tiveram imprensa de parceria na rua de S. Mamede em Lisboa, em Braga e Coimbra. Nesta cidade vieram estabelecer a imprensa em 1542.
«O primeiro livro impresso por João de Barreira e João Álvares em Coimbra, logo depois de aqui estabelecerem a imprensa em 1542, foi o seguinte: — Martini ab Azpilcueta Navarri iurisconsulti in tres de poenitètia distinctiones posteriores com mentarii. Adiectus est in calce libri locupletissimus index.
«Em 2 de Novembro de 1546 o reitor da Universidade Fr. Diogo de Murça deu procuração a João Álvares para ir a Lisboa receber e arrecadar toda a impressão de que el-rei "fizera mercê a este estudo, e para a trazer a elle por os preços que justos fossem".
«O mesmo Reitor concedeu aos impressores João de Barreira e João Álvares o privilégio de impressores da Universidade, o que lhes foi confirmado por provisão régia de 21 de Março de 1548. Logo em 7 de Julho do mesmo ano requereu João de Barreira em seu nome e no de João Álvares ao Conselho da Universidade, que lhes pagassem 12$000 réis conforme o contrato, "segundo a ordenança do estudo às terças".
«Antes desse contrato tinham João de Barreira e João Álvares imprensa sua própria; porém depois passaram a administrar a da Universidade, sendo os impressores privilegiados dela.
«A imprensa da Universidade foi estabelecida "nas casas dos paços d’el-rei".