Considéré sous cet angle, le Quod nihil scitur est la réfutation des méthodes qui remplacent l'ire ad res par l'ire ad terminos et ses origines prochaines ne sont séparables ni de la formation médicale de Sanches, ni de l'ensemble des événements qui amenèrent Bruno à abandonner Toulouse et à inonder de sarcasmes contre certains individus énigmatiques, tels que les docteurs Scoppet, Clyster, Pharphacon et autres, le dialogue préliminaire du De umbris idearum, imprimé à Paris en 1582. Malgré le nihilisme du titre, le Quod nihil scitur n'a nullement l'intention de démontrer l'impossibilité de la science. Il se propose, en fait, de montrer que les trois conceptions de la science communément admises, c'est-à-dire les conceptions aristotéliciennes comme habitus per demonstrationem acquisitus et comme connaissance par les causes, la conception platonicienne, comme réminiscence, et la conception pour ainsi dire idéale de la science, comme connaissance parfaite des choses, irnpliquent des difficultés insurmontables et, au fond, ne sont pas intrinsèquement cohérentes. Son but est à la fois logique et épistémologique; il consiste à mettre en évidence la stérilité des artifices logiques et l'impossibilité de l'explication scientifique de la réalité par un simple système de combinaison de concepts. Sanches n'a donc pas révoqué en doute la possibilté de la connaissance, mais il a simplement nié la valeur gnoséologique des quatre conceptions qui donnaient à la science une structure dogmatique et identifiaient le raisonnement scientifique avec la déduction à partir de príncipes généraux et de définitions nominales. L'abondance, sous la plume de Sanches, des expressions sceptiques, ne suffit pas pour étouffer la signification de deux faits profondément expressifs: le premier, c'est la déclaration, faite dans la dédicace au Quod nihil scitur, de sa décision de combattre l'erreur — falsitatem expugnaturus miles, ce qui revient à dire qu'il allait lutter pour une vérité tout au moins; le second fait est l'affirmation, au terme de son réquisitoire contre le dogmatisme métaphysique, qu'il établira les fondements de la science exacte — mihi namque est in animo firmam et facilem quantium possim scientiam fundare. A en juger par les écrits que nous connaissons, Sanches n'a pas mis ces projet à exécution. S'il l'avait fait, il est possible que nous pourrions le considérer comme un précurseur de Descartes, avec des raisons plus convaincantes que le parallélisme psychologique des états de doute chez les deux penseurs, et dont les théories sur le doute lui-même ne sont comparables ni par leur ampleur ni par leurs conséquences.
Sanches est donc resté en deçà des grands instaurateurs de la Philosophie moderne, mais l'instauration de la Philosophie moderne n'est pas pleinement compréhensible sans la connaissance de l'aporétique du Quod nihil scitur. Quand il a écrit ce livre, le commentaire de Pedro da Fonseca à la Métaphysique d'Aristote commençait à se répandre, en d'autres mots, s'établissaient les bases de la Seconde Scolastique. Sanches suivit le chemin opposé à celui de l'Aristote conimbricien, malgré son acceptation de la théorie aristotélicienne de l'explicabilité de la nature. A la recherche métaphysique de l'ontologie, il préféra la connaissance concrète des choses. On dira peut-être, et non sans quelque fondement, qu'il n'a manifesté qu'une attitude méthodologique, sans révéler l'ampleur d'une philosophie de la connaissance; neanmoins, il nous a donné ce qui importe le plus à la vie de la pensée féconde, je veux dire la problématique d'ou jaillit l'activité scientifique créatrice.
En combattant le dogmatisme, l'artificialisme logique et l'acquisition des connaissances par des vaies non rationnelles, il nous a montré que la tâche essentielle et authentique de la raison consiste dans l'observation et l'intégration de l'expérience concrète. Telle est la signification philosophique de Francisco Sanches et la valeur du message par lequel il vit dans l'histoire de la pensée.