Círculo reduzido, mas fiel, onde não chegara o clamor dos obscurantistas e dos facciosos que confundiam a liberdade crítica e a religiosidade interior do sábio de Roterdão com a reforma luterana. Dois ou três anos antes, quando D. João III dava ouvidos a Damião de Góis acerca da vinda de Erasmo para Coimbra, o passamento do estupendo trabalhador teria tido talvez maior ressonância, a despeito da leviana incompreensão de João de Barros, opondo, em pretensa matéria religiosa, a “sandice Erasma” à “razão portuguesa” (Rop. Pnefma); mas justamente neste ano de 1536 o velho Aires Barbosa estampava no prelo de Santa Cruz de Coimbra a Antimoria — condenação nítida, embora deferente, do Elogio da Loucura, e com a qual tomava consistência a reação contra a liberdade crítica, que o exame filológico desentranhava como sequela incoercível.
A ação pedagógica dos bolseiros, a bem dizer no início, não conhecia ainda entraves, e com o patrocínio régio pôde desenvolver-se na renovação do ensino e na fundação de novas escolas.
Em 1535, auxiliado por D. João III, Diogo de Murça fundou um colégio no convento hieronimita da Penha Longa, no qual professou Humanidades Inácio de Morais, o poeta do Conimbricae Encomium (1554). Volvidos dois anos, transferiu-o para o mosteiro de Santa Marinha da Costa, a par de Guimarães, onde os estudos atingiram certo brilho, ---- porém transitório, porque em 1543 o seu principal vinha rei-torar a Universidade de Coimbra, para onde o trasladou com o carácter de recolhimento de escolares jerónimos.
Diogo de Murça um dos grandes nomes da renascença do ensino, de quem o seu professor e amigo de Lovaina, João Driedo de Turnhout, em epístola a D. João III dizia (1533) ser “doutíssimo, de vida integérrima e exímio teólogo”, instaurou neste colégio “o método lovaniense”.
Nicolau Clenardo visitou-o, e escrevendo a D. João Petit, informava: “Tem ele [Diogo de Murça] no mosteiro três lentes, todos portugueses. Conheceis já o Bordalo: este ensina tica logo depois do almoço e a Física antes do meio-dia; outro ensina Dialética; e o terceiro, sob cujas bandeiras milita um filho d’El-Rei [D. Duarte] de catorze anos de idade a Retórica. Assisti às lições de todos eles e quiseram-me parecer bastante desempoeirados no seu assunto” (Trad. G. Cerejeira).
A iniciativa dos jerónimos, que durante a primeira metade do século gozaram a aura de prestígio e de favoritismo que deu notabilidade à congregação, repetia-se mais ou menos nas outras ordens religiosas. A expansão das Humanidades não conhecia limites. O infante D. Henrique, em 1537, estabeleceu em Braga, onde por então viviam “umas trinta pessoas, que se ocupavam de belas-letras” (Clenardo), uma escola latina. Nela professaram Nicolau Clenardo, João Vaseu, de Bruges, e Marcial de Gouveia, e porventura para os seus alunos teria Clenardo imprimido em 1538 as Institutiones Grammaticae (Braga), livro introuvable.
Coimbra, porém, foi a detentora deste movimento de difusão e de renovação literária e científica, o qual se desenvolveu em três locais famosos: o Mosteiro de Santa Cruz, a Universidade e o Colégio das Artes.
Desde o alvorecer da nacionalidade, mediante as relações que os Cónegos Regrantes logo estabeleceram com a congregação de S. Rufo, de Avinhão, e o desenvolvimento da comunidade, com raízes endógenas no próprio claustro, Santa Cruz sempre havia sido um centro de cultura, mas nunca os estudos se elevaram a plano tão alto como quando Fr. Brás de Barros (ou Braga, 1484-1559) presidiu aos destinos do poderoso mosteiro. Como Diogo de Murça, seu irmão de hábito e amigo desde a escolaridade de Paris, Fr. Brás foi, além de reformador enérgico dos Cónegos Regrantes (desde 1527), o instaurador do ensino das Humanidades. Aos seus esforços e valimento junto de D. João III, a esta hora verdadeiro pai das letras, se deve porventura o carácter inconfundível de Coimbra, ao convertê-la definitivamente, numa hora incerta e no choque de ambições locais divergentes, em cidade universitária.
Em 1535, segundo a crítica mais recente, existia já em Santa Cruz de Coimbra um corpo de mestres de artes, filosofia e teologia, entre os quais “os franceses que vieram de Paris”, cujos nomes se ignoram, salvo talvez o do helenista Vicente Fabrício.
Por quatro colégios, no mosteiro ou à sua volta, — Todos-os-Santos, S. Miguel, Santo Agostinho e S. João Baptista — se repartia o concurso numeroso dos estudantes. A traça dos edifícios e a seleção dos mestres mostram bem a grandeza do plano de Fr. Brás, e quer-se melhor prova que a instalação da oficina tipográfica paredes dentro do próprio mosteiro?
Germain Galharde, impressor francês, fora (1530-1531) o seu organizador, mas já em 1532 eram os cónegos quem compunha e tirava. Famosa sobretudo até 1536, desta oficina saíram vários livros religiosos e de humanidades, entre os quais as Institutiones latinarum litterarum (1535), de D. Máximo de Sousa, e, em 1534, o De Divisionibus et Definitionibus, de Boécio, no qual já se empregaram caracteres gregos bem trabalhados.
Sobre o valor dessas escolas, nas quais era “opróbrio falar, salvo em a língua romana ou grega, o que aos olhos dos caminhantes é um espetáculo de ver” legou Clenardo um depoimento notável ao recordar na Epístola aos Cristãos a sua passagem por Coimbra (1537):
«Por esse tempo andava El-Rei empenhado em levantar nessa cidade a nova Universidade. Será necessário alongar-me aqui em elogios, quando El-Rei em pessoa cada dia e cada vez mais se impõe por si próprio à nossa admiração?
«Era tempo de férias; portanto não havia aulas nas várias disciplinas. Não posso formar um juízo senão da aula de grego, a qual me deixou assombrado com o novo milagre: — Vicente Fabrício comentava Homero, não traduzindo-o de grego para latim, mas como se o fizesse na própria Atenas! Nunca até então eu vira tal em parte alguma. E os discípulos imitavam o mestre com não menor aplicação, empregando também a língua grega quase exclusivamente. A julgar por estes presságios, se me é lícito meter a profeta, Coimbra há-de vir a ser um centro florescentíssimo no estudo das línguas.
«Quanto à teologia, deram-lhe muito brilho três frades, os quais, tendo frequentado esta Universidade apenas alguns meses, disputaram sobre um tema que lhes foi proposto, com tanta agudeza, que foram seguro testemunho sobre quão ilustres mestres eles ali ouviam.
«Se é certo que a glória alimenta as artes, quem não vê que está reservado a Coimbra ainda um dia vir a sobrepujar a própria Salamanca? El-Rei também se não poupa a nenhumas despesas, tendo dotado as cadeiras com proventos tão gordos, que em toda a Espanha não logram os professores melhores salários”.
A realidade confirmou o vaticínio do humanista. Com a trasladação, ou mais exatamente com a nova fundação da Universidade (1537), a munificência régia “desterrou toda a barbaridade deste reino, convocando para a sua cultura homens doutíssimos” (André de Resende), assim nacionais, como estrangeiros, de Alcalá, Salamanca, França e Itália. Coimbra reputava-se uma nova Atenas, e desde então a sua história tornou-se inseparável da história da cultura pátria.
A nova Universidade era o lar dos estudos maiores das Faculdades, cuja atualização científica e metodológica parece ter sido o desiderato supremo. Os estudos menores como que ficaram na penumbra, mas logo em 1541 o reitor Diogo de Murça fazia sentir ao rei a deficiência nos “princípios de latinidade”.