A par da informação das novidades científicas e dos progressos técnicos no instrumental de observação, alguns dos correspondentes dirigiam-se a Magalhães para lhe encomendarem aparelhos de precisão enquanto outros recorriam à eficiência dos seus bons ofícios para darem a conhecer à Royal Society os seus descobrimentos e as suas publicações.

Com efeito, uma das facetas da atividade de Magalhães que mais fama e proveito lhe deram foi a competência escrupulosa que ele aplicou nos instrumentos de precisão de cuja construção assumia a garantia.

Magalhães não montou oficina própria, cometendo a execução da aparelhagem que lhe encomendavam a artífices de sua confiança, cujo trabalho orientava, verificava e garantia, mas qualquer que fosse a sua intervenção é fora de dúvida que o renome de Magalhães procedeu em grande parte da fama que principalmente alcançaram os seus instrumentos de observação, por vezes providos de inovações de sua inventiva.

Foi com instrumentos de Magalhães que se atualizaram alguns laboratórios, Bochart e Saron e outros trabalharam nos seus postos de observação e gabinetes, Cook e José Espinosa y Tello fizeram as observações nas suas viagens de exploração e de reconhecimento, Bory e Borda, como supomos, empregaram em campanhas hidrográficas e em Portugal se iniciaram os primeiros trabalhos geodésicos com o Dr. Francisco António Ciera; e foi com escritos sobre instrumentos científicos que Magalhães fixou a sua personalidade de sábio. Tais são os seguintes:

— Description des octants et sextants anglois ou quarts de cercle à reflection avec la manière de se servir de ces Instruments, pour prendre toutes sortes de distances angulaires, tant sur Mer que sur Terre. Precedée d'un Mémoire sur une nouvelle construction de ces Instruments; et suivie d'un Appendix, contenant ia description et les avantages d'un Double-sextant nouveau. Par J. H. de Magellan membre de la Société Royale de Londres et Correspondant de l'Académie Royale des Sciences de Paris. A Paris, chez Valade, Libraire, rue Saint-Jacques, vis-à-vis celle des Mathurins et à Londres, chez Elmsley, Libraire, dans le Strand, vis-à-vis Southampton Street. MDCCLXXV, avec approbation et privilège du roi. 1 vol. in-4.° de XVI + 174 págs. e com 3 folhas de gravuras.

—   Description des nouveaux instrumens à reflection pour observer avec plus de précision les distances angulaires sur mer; et du changement fait aux sextans ordinaires pour obtenir une partie des mêmes avantages, par J. H. de Magellan... à Londres... MDCCLXXIX, in-4.°, com 3 folhas de gravuras.

—   Description of a Glass apparatus for making mineral waters like those of Pyrmont, Spa, Seltzer, etc., in a few minutes and with a very little expence: together with the description of some new eudiometers or Instruments for ascetaining the Wholesomeness of Respirable Air: and the method of using these Instruments: in a letter to the Rev. Dr. Priestley, Li. D. F. R. S. by J. H. de Magellan, F. R. S. London, Printed for W. Parker, n° 69, Fleet Street... MDCCLXXVII, in-8.° de VIII + 47 págs. e uma de gravuras. Teve segunda e terceira edição, respetivamente com os seguintes acrescentamentos no título:... The second edition, revised and Corrected by the Author, London, MDCCLXXIX, in-8.° de VIII + 52 págs.; The third Edition, Revised, Corrected and Enlarged by the Author, with one examination of the Strictures of Mr. T. Cavallo, F. R. S. upon these Eudiometers. London, Printed by the Author, MDCCLXXXIII, in-8.° de VIII + 80 págs.

—   Description et usages des Instrumens d'Astronomie et de Physique faits à Londres, par ordre de la Cour du Portugal en 1778 et 1779, adressée dans une lettre à son Excellence M. Louis Pinto de Sousa Coutinho, seigneur de Balceman, chevalier des Ordres de Malthe et de Christ, du Conseil de Sa Magesté très Fidelle et son Envoyé Extraordinaire à la Cour de Londres, etc., etc., etc., par.1. H. de Magellan, gentilhomme portugais, membre de la Société Royale de Londres, de l'Académie Imperiale des Sciences de Petersbourg, de la Royale de Madrid et correspondant de l'Academie Royale des Sciences de Paris. A Londres, chez B. White, Libraire à Fleet Street... MDCCLXXIX.          

—   Notice des instrumens d'Astronomie, de Geodesie, de Physique, etc., faits dernierement à Londres par ordre de la Cour d'Espagne: avec le précis de leur construction, qualités et perfectionnements nouveaux, par J. H. de Magellan, gentilhomme portugais... A Londres... MDCCLXXX .

—   Description et usages des nouveaux baromètres pour mésurer la hauteur des montagnes et ia profondeur des mines, appartenants aux collections d'instruments d'astronomie et de physique, faite à Londres en 1778 et 1779, par ordre de la Cour d'Espagne par J. H. de Magellan, gentilhomme portugais... impressa por W. Richardson, no Strand, em Londres, em MDCCLXXIX.       

—   Essai sur la nouvelle theorie du feu élémentaire, et de la chaleur des corps: avec la description des nouveaux termomètres destinés particulierement aux observations sur ce sujet, par J. H. de Magellan, gentilhomme portugais... A Londres... MDCCLXXX, in-4.° de 34 págs. e 1 folha de gravuras .

— Description d'une machine nouvelle de dynamique, inventée par Mr. G. Atwood, membre de la Société Royale de Londres: au moyen de laquelle on rend très aisement sensibles les Loix du Mouvement des Corps en Ligne Droite, en Rotation: les V elocités communiqués par le Choc des Corps Elastiques et Non-Elastiques: la Résistance des Fluides, &c. &c. Avec un précis des Expériences relatives à la Première Espece de Mouvement, et la manière de les executer, &c. Dans une lettre adressée à Monsieur A. Volta, Professeur de Philosophie dans l'Université de Pavie. Londres, na imprensa de W. Richardson, no Strand, MDCCLXXX, in-4.° de 34 págs. e uma de gravuras.

— Extrait d'une lettre de M. J. de Magellan, membre de la Soc. R. de Londres, et d'autres Académies, sur une pendule peu connue de son invention.

O teor destes escritos, que exprimem a obra pessoal, assim como o conceito dos contemporâneos, mostra que a atividade científica de Magalhães teve por objeto dominante, como justamente notou o Prof. Alexandre Sousa Pinto, “a criação de métodos de rigor nos trabalhos experimentais, o aperfeiçoamento do material de trabalho, a correção dos resultados. Não fez descobertas das que revolucionam a ciência ou lhe imprimem novo rumo. Mas, com o seu espírito inventivo e a habilidade experimental que o caracterizava, não se ocupava de um aparelho sem que o aperfeiçoasse nos seus detalhes, evitando causas de erro, facilitando leituras, permitindo meios de verificação, tornando mais rápidos ou cómodos os processos de trabalho”.

Como tal, Magalhães é típico representante da atitude Científica do seu tempo, enquanto atividade que se orienta exclusivamente para a observação e para a experimentação em ordem ao estabelecimento de leis e ao acréscimo e exatidão dos conhecimentos, sem se empenhar na formulação de teorias gerais e na reflexão de dificuldades epistemológicas.

Daí, por um lado, a ausência do espírito de sistema, ou, por outras palavras, a inteligência aberta, sem limitações, a todas as inovações e ensinamentos insuspeitados da experiência: e por outro, a afeição às investigações de raiz instrumental, que os teóricos da ciência física, como van Mussohenbroek (Gratio de methodo instituendi experimenta physica, 1730) e os seusepígonos Mollet (L' art des expériences ou Avis aux amateurs de la physique sur le choix, la construction et l'usage des instruments, 1770) e Sigaud de la Fond (Description et usage d'un cabinet de physique experimentale, 1775) consideravam condição basilar da constituição e do progresso dos conhecimentos adquiridos pelos sentidos.